Die Freimaurerei hat sich unter anderem von den zunftartig organisierten Steinmetzen des Mittelalters zu auf geistiger Ebene arbeitenden Gesinnungsgemeinschaften entwickelt. Die Überlieferung der Traditionen erfolgte hauptsächlich mündlich. Der Begriff Loge, die Hütte als Arbeitsstätte der Steinmetzen und Werkmaurer, tritt erstmals im Jahre 1277 auf.
Im „Regius-Manuskript“, der ältesten bekannten Zunftordnung der Steinmetzbruderschaften, sind im Teil 3, Articulus decimus, die folgenden Zeilen aus dem Jahr 1390 zu finden: „Kein Meister dem Andern soll widerstreben / Sie sollen wie Bruder und Schwester leben / Alle und Einige in dieser Handwerkschaft / Welche verlangen nach Meisterschaft.“ Frauen waren im Mittelalter durchaus in Berufsgemeinschaften vertreten, was im Zuge der Reformation und der Aufklärung verloren ging.
Ab 1376 kann die Bezeichnung „freestone mason“ (freestone = bearbeitbarer Sandstein) für den künstlerischen Beruf des Steinmetzen nachgewiesen werden (im Gegensatz zu „roughstone mason“ = Maurer). Der Dichter und Freimaurer Johann Wolfgang von Goethe formte 1816 aus dem Wort Hütte den Begriff Bauhütte.
Bereits Ende des 15. Jahrhunderts amtete der Schotte William Sinclair als Vorsitzender einer nur auf philosophischer Basis arbeitenden Loge in Rosslyn. Das älteste Protokoll einer Freimaurerloge stammt aus dem Jahre 1599. Die Loge nahm Männer auf, die keine Zunft-Steinmetzen, also „angenommene“ Maurer, waren. Ein halbes Jahrhundert später förderte der englische Staatsmann Oliver Cromwell das Handwerkertum im Bestreben, die durch das Zeitalter der Entdeckungen gewonnenen Erkenntnisse in der Bevölkerung zu verankern. Gleichzeitig unterstützte er Wissenschaft und Forschung. So konnte bereits im Jahre 1662 aus den Forschungsarbeiten der Freimaurer die Gründung der Gelehrtengesellschaft Royal Society erfolgen, als deren Präsident Isaac Newton von 1703 bis zu seinem Tod im Jahre 1727 wirkte.
Als im 18. Jahrhundert, im Zeitalter der Aufklärung, in England, Schottland und Irland die ersten Freimaurer-Grosslogen (Dachverbände) gegründet wurden, waren ihre Logenmitglieder ausschliesslich Männer (Frauen galten als „unmündige Wesen“). Bald entstanden weltweit viele Freimaurerorden, meist organisiert als hierarchisch strukturierte Männerbünde.
Es bestehen traditionelle Männerlogen, die alle seit 1717 unter dem übergeordneten Verband von London stehen (United Grand Lodge of England). Es gibt seit 1773 die in Paris gegründeten liberalen Männerlogen (alle mit Namen „Orient“, also z.B. „Grand Orient de Suisse“), welche ein Gegenpol zu England darstellen. Aus den Logen des „Grand Orient de France“ sind die Gemischten Logen und die Frauenlogen entstanden.
Einzelne Freimaurerlogen, in denen auch Frauen Aufnahme fanden, können bereits 1634 in Frankreich und 1720 in Polen nachgewiesen werden. In den USA traten ab 1790 erste Frauenlogen auf. Im Jahre 1893 legte die französische Schriftstellerin und Freidenkerin Maria Deraismes zusammen mit George Martin in Paris den Grundstein zur Grossloge Le Droit Humain (DH) mit Logen für Männer und Frauen gemeinsam. Die „Gemischte Freimaurerei“ verbreitete sich schnell auf allen Kontinenten. Die erste schweizerische Gemischte Loge entstand bereits 1896 in Zürich.
Aus der straff geführten Organisation des DH mit Zentralsitz in Paris lösten sich jedoch ab der zweiten Hälfte des 20. Jahrhunderts europaweit liberale Gemischte Freimaurerlogen heraus und schlossen sich zu selbständigen, auf demokratischen Grundsätzen beruhenden Dachverbänden zusammen, so etwa die Grossloge Humanitas Deutschland (1959), und LGL, die Liberale Grossloge Österreich (1985 resp.1955).